Anne Queffélec est la fille de l'homme de lettres Henri Queffélec et d'Yvonne Pénau 1.
Elle a trois frères dont l'écrivain Yann Queffélec et le mathématicien Hervé Queffélec. Malgré son goût pour la littérature, elle choisit la musique dès son plus jeune âge.
Après des études secondaires au cours Hattemer, elle suit les cours du conservatoire national supérieur de musique de Paris où elle obtient les premiers prix de piano et de musique de chambre1.
Elle se perfectionne à Vienne auprès d’Alfred Brendel5.
Elle remporte en 1968 le concours international de Munich6, puis en 1969 celui de Leeds, succès qui lui ouvrent les portes des salles de concert. Invitée dès lors par les plus grands orchestres et chefs d'orchestres, elle se produit également lors de nombreux festivals français et anglais, tels les « Proms » de Londres, le Festival de La Roque-d'Anthéron, la Folle Journée de Nantes2.
Son répertoire très éclectique s'étend de Scarlatti à Satie et Dutilleux, bien qu'elle affectionne tout particulièrement Haydn, Schubert et Mozart, dont elle a notamment joué quelques extraits pour la bande son du film Amadeus de Miloš Forman5.
Elle reçoit en 1990 en France la Victoire de la « meilleure interprète de musique classique »5.
Sa discographie compte une trentaine de disques, notamment les intégrales pour piano seul de Ravel et Dutilleux5.
En 2007, 2010 et 2013, elle siège comme membre du jury au concours musical international Reine-Élisabeth-de-Belgique7.
En 2015, elle joue à La Grange au Lac d'Évian-les-Bains, elle s'allie avec le Quatuor Manfred.
Anne Quéffelec transmet sa passion de la musique à son fils Gaspard Dehaene (né en 1987), qui choisit lui aussi la carrière de pianiste8. Elle donne des stages de perfectionnement à l'École normale de musique de Paris9.